Humboldt Seed Company ist ein Cannabis -Saatgutunternehmen mit Sitz im US-Bundesstaat Kalifornien. Das Unternehmen wurde 2001 von Nathaniel Pennington im Emerald Triangle im Norden Kaliforniens gegründet. 
Das Unternehmen verfügt über eine Datenbank mit Cannabis- Phänotypen , die Tausende einzelner Pflanzen umfasst, sowie über ein Inventar ihrer Samen und lebenden Pflanzen. Die Proben wurden ab 2018 im Rahmen von „Phänotyp-Suchen“ unter Beteiligung kalifornischer Anbauer gewonnen.
Im Jahr 2022 war es das erste Unternehmen, das selbstblühendes Cannabis in Kolumbien registrierte .